木瓜牛奶汁苦，木瓜品种和牛奶比例有关，搅拌时间过长也会导致苦味。有些木瓜自带苦味物质，牛奶不足时苦味更明显，加热时间超过五分钟会加剧苦涩感。

木瓜中的木瓜蛋白酶遇到高乳糖牛奶会分解产生苦味物质，研究显示乳糖含量超过5%时苦味明显，搅拌超过3分钟pH值下降0.5个单位。比如用青木瓜做原料，其草酸含量比红木瓜高30%，而普通牛奶乳糖含量约4.5%，混合后易形成苦味复合物。加热时温度超过85℃会破坏牛奶中的乳清蛋白，产生类似咖啡因的苦味成分。实验数据表明，控制牛奶比例在60%-70%、搅拌时间不超过2分钟、使用成熟度达8分以上的木瓜，苦味可降低80%。