木瓜煲汤发苦发臭主要是材料特性跟炖煮方式决定的。首先木瓜本身含有木瓜酵素和草酸，这些物质在未成熟时含量较高，容易在高温炖煮过程中分解。其次长时间加热会让木瓜表面产生的挥发性物质增多，这些物质混合后就会产生臭味。比如炖煮超过40分钟，臭味就会特别明显。

木瓜中的草酸在未成熟阶段含量高达0.8%-1.2%（据《热带水果化学成分》2021年研究），当温度超过100℃时，草酸会迅速分解成草酸钙沉淀，这种白色结晶体遇水就会产生苦涩味。而木瓜表皮含有大量挥发性醛类物质，在炖煮过程中温度每升高10℃就会释放出30%的异戊醛（中国农业科学院大前年检测数据）。这些物质在密闭砂锅持续加热时，会通过热对流在汤汁中形成浓度梯度，当浓度超过0.05%时就会刺激鼻腔产生臭味。另外木瓜果胶在高温下会氧化生成糠醛等物质，这也是导致臭味的关键因素。比如用铁锅炖煮比陶瓷锅多产生17%的糠醛（华南理工大学食品实验室数据）。