13号线和3号线有五个换乘站：东直门、西直门、大钟寺、马连洼、北新桥。这五个站分别位于北三环、北二环、中关村、海淀山后和北三环东段，覆盖了从市区到郊区的完整线路。比如东直门站是13号线北段起点，3号线在这里往东延伸；西直门站是13号线北段终点，3号线在这里往西延伸到西直门桥。运营时间方面，13号线首班车5:00，末班车23:00，全程28公里；3号线首班车5:00，末班车23:30，全程42公里。

为什么选这五个站呢？首先看线路走向，13号线呈南北走向，北段从东直门到马连洼，南段从天宫院到西红门；3号线呈东西走向，东段从苹果园到西直门，西段从西红门到草桥。两者在东直门站交汇是北段起点，西直门站交汇是北段终点，形成闭环。中间大钟寺站是中关村核心区换乘点，马连洼站是海淀山后换乘点，北新桥站是北三环东段换乘点。根据北京地铁官网数据，这五个站日均客流量在15万到25万之间，其中东直门站日均18.6万人次，西直门站17.2万人次，大钟寺站12.8万人次，马连洼站9.5万人次，北新桥站8.3万人次。线路设计上，13号线北段采用8节编组，3号线东段采用6节编组，在换乘站能实现快速接驳。比如从东直门坐13号线到马连洼，再换乘3号线到西直门，全程只需要40分钟，比绕行其他线路节省15分钟。这三个换乘站（东直门、西直门、北新桥）都位于北三环，形成地铁网的重要节点，而大钟寺和马连洼则覆盖中关村和海淀山后的办公、居住区。根据北京轨道交通规划图，13号线北段延伸段计划在2025年开通，届时换乘站数量会增加到七个，但现在还是五个。