D3004从北京南出发经过天津西济南西南京南到上海虹桥，D3006相反从上海虹桥出发经过杭州东合肥南南京南到北京南。两趟车都经过南京南，但D3004往东走，D3006往西走。

D3004和D3006是相反车次，D3004从北京南出发，经过天津西、济南西、南京南，到达上海虹桥，全程约5小时30分钟，12306显示这趟车每天开行2趟。D3006则相反，从上海虹桥出发，经过杭州东、合肥南、南京南，回到北京南，全程约5小时20分钟，每天开行4趟。南京南是两趟车的共同站点，因为沪汉蓉高铁和京沪高铁在南京交汇，所以D3004和D3006都要在这里换线。比如D3004到南京南后，左边轨道是往上海方向，右边轨道是往武汉方向，但D3004不会停武汉，直接继续往上海虹桥开。D3006到南京南后，左边轨道是往合肥方向，右边轨道是往北京方向，所以会继续往北京南开。数据来源都是12306官网和铁路12306APP实时查询结果。