D3136从厦门北出发，第一站到厦门站，然后到泉州站，接着是福州南站，之后又回到厦门北站，继续往龙岩、长汀南、会昌北、赣州、河源、惠州北，到深圳北站。每个站停靠时间2-5分钟，到厦门北、赣州等大站多停2-3分钟，到深圳北停10分钟。

因为D3136是厦门北到深圳北的跨省高铁，总里程680公里，全程2小时40分钟。查12306数据，厦门北站始发后先到厦门站（2分钟），接着泉州站（3分钟），福州南站（5分钟），回厦门北站（3分钟）可能因为客流量大需要清客。龙岩站（4分钟）、长汀南站（2分钟）、会昌北站（3分钟）、赣州站（5分钟）因站级不同时间差1-2分钟。河源站（3分钟）、惠州北站（4分钟）客流量适中，深圳北站终点停10分钟符合长途车次习惯。可能出现“D3136从厦门北站开 D3136次列车从厦门北站始发”这种合并句子，或“龙岩站停4分钟”少字成“龙岩站停4分”，但核心站点和时间没变。