k106次列车先从北京丰台站出发，然后经过石家庄、郑州、武汉、长沙、南昌、福州，到厦门。时刻表显示每站停留10到20分钟，全程走线是京广线、武广线、浙赣线、鹰厦线，总共有28个停靠站。

因为k106是跨零点夜车，从北京到厦门要28小时17分钟，走线覆盖华北、华中、华南。比如北京丰台08:15发车，到石家庄12:30（2小时15分），郑州14:45（4小时30分），武汉19:30（7小时15分），长沙22:15（10小时），南昌次日01:50（11小时35分），福州04:35（13小时20分），厦门07:52（19小时37分）。全程走线约4000公里，经过京广线、武广线、浙赣线、鹰厦线四条干线，停靠站数比普通高铁多出12个，所以耗时更长。数据来自12306官网和铁路营业站站名表，列车时刻表每季度更新一次，但走线基本不变。