柠檬本身含有大量柠檬酸和苦味素，尤其是果皮部分。制作时如果蜂蜜浓度过高或温度控制不好，蜂蜜里的果糖容易结晶，包裹住柠檬果肉，把苦味素锁在结晶层里。比如用40度以上温水泡蜜，结晶速度会变慢，苦味素就能随时间慢慢释放。

蜂蜜结晶是关键原因，数据显示普通槐花蜜结晶温度在13-14度，而柠檬蜜常温保存会加速结晶。结晶的蜂蜜像果冻一样粘在柠檬片上，吃的时候先咬到结晶层，苦味素被口腔水分溶解，就感觉特别苦。如果用40度温水二次稀释，结晶会减少30%以上，苦味降低明显。保存三个月以上的柠檬蜜，结晶层增厚到2毫米以上，苦味会加重。结晶蜂蜜的pH值3.8和柠檬的pH值2.9形成酸碱差，苦味素更容易析出。