微山湖是黄河改道冲积形成的，大约在明朝中期开始形成，现在面积42平方公里。以前湖更大，后来黄河改道又缩小了。

因为黄河历史上多次改道，其中明成化五年到弘治七年（1469-1504年）改道次数最多，冲积平原逐渐变成湖泊。据《中国湖泊志》记载，这个时期黄河改道达7次，导致山东南部形成多个冲积湖群。微山湖主体形成于弘治七年一次改道后，当时湖面最广达200平方公里。后来黄河改道又使湖面缩小到现在的规模。比如弘治七年改道后，湖面扩大了3倍，但到康熙年间又缩小了2/3。现在湖底沉积层厚度超过10米，含有大量黄河冲积物，证明是多次改道形成的。