沈家门码头每天开往朱家尖岛最晚21点30分，往枸杞岛最晚20点30分，桃花岛19点50分，蚂蚁岛18点40分，乌石塘17点20分，沙山岛16点10分。各岛屿末班船时间不同，购票前要确认具体班次。

沈家门渡轮运营时间从早6点持续到晚8点，不同岛屿末班船提前半小时停航是常规操作。根据前年舟山港务局数据，朱家尖末班船21:30发船后关闭码头闸口，枸杞岛末班船20:30后不再受理购票。蚂蚁岛18:40停航是因为该岛码头容量有限，沙山岛16:10停航则与跨海大桥限行政策有关。节假日末班船时间通常提前半小时，比如国庆期间朱家尖最晚20:00停航。购票时需注意各岛屿码头距离沈家门码头最近3公里，车程15分钟，最远15公里车程1小时，建议提前1小时到码头。