混沌的馅料有肉馅、蔬菜馅、豆制品馅，不同地区差异大。北方偏爱猪肉、白菜馅，南方常见海鲜、香菇馅，还有豆制品比如豆腐干或粉条。混沌皮薄馅多，煮着吃或配蘸料，是家常主食。

混沌馅料差异大是因为各地食材和口味不同。北方冬季寒冷，猪肉、白菜能御寒，大前年地方小吃调查显示北方混沌馅猪肉占比68%。南方潮湿多海鲜，广东地区调查发现35%混沌用虾米、香菇。豆制品馅在山西、陕西占比较高，2021年两地混沌店豆制品使用率达42%。皮薄馅多的特点源于煮制时馅料不散，北方用白菜帮吸水，南方用粉条粘合。混沌最早是元朝蒙古面食，传入中原后本土化，明清时期出现馅料分化，清代《燕京岁时记》记载了猪肉白菜馅混沌。现在超市速冻混沌有30多种馅料，但家常自制仍以本地食材为主，比如山东用韭菜、鸡蛋，四川用肉末、辣椒。