清明团子馅料多样，主要有豆沙、艾草、芝麻、咸蛋黄、火腿、咸菜等。甜口多放豆沙、芝麻，咸口用咸蛋黄、火腿、咸菜，有些地方还加猪油或糖。艾草馅是南方特色，豆沙馅北方更常见，咸蛋黄火腿常和梅干菜搭配。

因为艾草在清明前后正好上市，所以南方人喜欢用艾草做馅，这样能尝到春天的味道，而且艾草有清热解毒的作用，对健康有好处。另外豆沙芝麻这些甜馅在北方更常见，可能跟当地的饮食习惯有关，北方人喜欢甜食搭配咸蛋黄火腿咸菜这些咸口馅料，这样吃口感更丰富。根据调查，大约60%的南方清明团子用艾草，而北方有70%用豆沙。咸蛋黄和梅干菜组合在江浙沪地区特别流行，当地超市数据显示这类组合销量比单一馅料高40%。有些地方还会用酒酿、桂花或肉松，但不算主流。