日本医学院主要分布在东京、大阪、京都这些大城市，因为大城市医疗资源多，学生实习方便。比如东大、京大、大阪大这些顶尖大学医学院都排前五名，因为它们有百年历史和更多研究资金。排名靠前的还有九州大、东北大，这些学校在医学领域都有特色专业。

为什么这么排呢？根据前年日本文部科学省数据，东大医学院连续十年第一，因为每年招生人数少但毕业生就业率高达98%。京大医学院第二，因为它的临床医学和药学研究经费比东大多出15%。大阪大第三，主要靠它的国际联合培养项目，每年和欧美30多所大学合作。排名第四的九州大医学院，因为擅长热带医学研究，比如疟疾治疗课题连续三年获资助。东北大医学院第五，因为它的精神医学实验室设备全国最先进。这些学校都集中在关东和关西地区，因为日本70%的人口也住在这两个区域。数据还显示，医学院排名和学校整体实力基本一致，比如东大综合排名日本第一，医学院也第一。不过像东京医科齿科大学这种专门学校，虽然综合排名不高，但牙科专业全国第三，说明细分领域也有强校。