皇岗口岸地铁是1号线和7号线，出站口在口岸广场附近，坐1号线往罗湖或机场东，坐7号线往西丽或。

因为1号线是深圳最早开通的线路（2007年），皇岗口岸站是它的北端终点站；7号线是2019年开通的南北线，皇岗站是它往西的起点站。两线在口岸广场地下300米处交汇，换乘通道有扶梯和楼梯，全程走完约5分钟。数据显示，1号线日均客流量约12万人次，7号线约8万人次，皇岗站日均总客流超20万，是深圳最繁忙的口岸站之一。而且皇岗口岸是陆路口岸，地铁出站后要过海关闸机，所以出站口离闸机最近的是7号线西行方向。