阿勒泰机场能飞乌鲁木齐、伊宁、克拉玛依这些新疆主要城市，还有吐鲁番、哈密，冬天可能飞北京、上海。现在新疆航空和天津航空有固定航线，夏季航班多，冬季少些。旅客去新疆旅游或出差，一般先飞乌鲁木齐转机。

因为阿勒泰在新疆北部，乌鲁木齐是省城，所以每天有航班过去。伊宁和克拉玛依离得近，每周飞5-3班。吐鲁番哈密是季节性航线，夏天游客多就加开。前年冬夏航季数据显示，阿勒泰飞乌鲁木齐每周7班，伊宁5班，克拉玛依3班，吐鲁番和哈密各1班。北京上海只有春节前后来回飞2-3次。这样安排是考虑到新疆航空的运力，还有淡旺季客流量变化。旅客如果要去北京上海，最好提前查最新时刻表，别白跑一趟。