生煎包馅料主要有肉馅、虾仁和蟹黄三种。肉馅用猪肉加葱姜调味，虾仁去腥提鲜，蟹黄增香提味。有些店家还会加少量香菇或马蹄增加口感。

上海人吃生煎包最常选猪肉馅，虾仁次之，蟹黄是贵价版本。上海餐饮协会大前年报告显示，猪肉馅占78%，虾仁占15%，蟹黄占7%。因为猪宜又耐蒸，虾仁容易出汁，蟹黄成本高但能提升。像南翔馒头店就坚持用三分肥七分瘦的猪肉，而蟹黄包店则用整只蟹蒸熟压泥。有些小摊还会混搭肉末和蟹粉，既省钱又好卖。数据还显示，夏季生煎包卖得最好，因为猪肉馅在高温下会多出汁水，让面皮更脆。