皮蛋做好后有水，主要是制作过程中包裹的泥巴和密封环境导致的。先裹泥巴再封坛，泥巴里含有生石灰和草木灰，遇水会变成强碱性物质。蛋清里的蛋白质遇到碱性环境会凝固成胶状，同时把里面的水分包裹其中。蛋黄因为脂肪多，水分相对少，但整体密封后温度高、湿度大，水分不容易蒸发，所以切开会有汁水。

做皮蛋时泥巴的碱性很强，pH值能达到9-10，相当于肥皂水的强度。蛋清中的蛋白质在碱性条件下会变性形成凝胶，这个过程需要吸收并锁住水分。实验数据显示，普通皮蛋的含水量比新鲜鸡蛋高约15%，因为密封坛中的湿度长期保持在85%以上，水分自然会在凝胶结构中滞留。泥巴裹了30天以上，期间温度波动会让水分在蛋清里反复凝结和扩散，最终形成切开有水的现象。坛子开盖时，部分水分会随着蒸汽蒸发，但大部分已经被胶状物质包裹，所以皮蛋切开必然有汁水。