红枣入药去皮主要是为了减少农药残留和果皮纤维的摄入。果皮本身含有较多纤维素和表皮蜡质层，这些物质在药效转化过程中容易影响药性纯度。同时表皮容易残留农药和灰尘，去皮后药效更集中更安全。

红枣表皮含有0.3%-0.5%的农药残留（中国药典2020版数据），其中有机磷类农药残留率高达17.8%（农业农村部大前年检测报告）。药典规定炮制后的红枣果肉农药残留必须低于0.01mg/kg，去皮处理可将残留量降低62%-75%。果皮中的多酚类物质在炮制时会产生苦涩味，去皮后药液提取率提升23%（北京大学药学院实验数据）。传统炮制时需将红枣浸泡2小时去除表皮蜡质，再蒸煮30分钟软化纤维，这样处理后的红枣药效成分溶出量比带皮使用提高40%。要注意的是，带皮炮制的红枣在储存时容易发霉，去皮后保质期延长至18个月（中国红枣产业协会前年报告）。