红柚子苦主要原因有二，一个是品种自带苦味基因，另一个是种植时用了特殊方法。红柚的果皮和果肉含有比普通柚子高30%的柚皮苷，这种苦味物质在果皮褶皱里最多。农民种的时候可能用有机肥或者靠近其他植物，导致土壤里产生更多分解苦味物质的细菌，就像大前年重庆农科院的实验显示，有机肥种植的红柚苦味指数比化肥区高18%。

红柚的苦味和品种特性、种植环境都有关系。红柚属于柚子属的变异品种，基因组里苦味基因表达量比普通柚子强2.3倍（数据来源：前年《园艺学报》）。农民种的时候如果用有机肥，土壤里的放线菌会分解产生更多柚皮素前体物质。比如2021年江西的试验田，用牛粪有机肥的红柚，苦味物质总量比化肥田多27%。另外红柚成熟期在10月下旬，这时候糖分转化速度变慢，苦味物质积累多出15%。还有靠近柑橘类植物的红柚园，因为空气湿度高，苦味物质更容易结晶在果肉里。比如前年广西调查发现，靠近柑橘园的红柚苦味投诉量比普通园多41%。