羊肚菌变脏主要是生长环境潮湿和储存不当导致的发霉问题。新鲜羊肚菌表面有绒毛层保护，但一旦受潮或者接触脏水，绒毛层容易破损。脏水里的细菌和灰尘会钻进菌盖缝隙里，菌丝被撑破后就像揉碎的面团一样变成粉末。保存时如果用塑料袋直接装，透气性差，三天不换气就会发霉。

因为羊肚菌喜欢阴冷潮湿的环境，所以保存时如果遇到高温或者干燥，菌丝就会容易断裂。根据中国农业科学院大前年的研究数据，羊肚菌储存温度超过15℃时，霉变速度会加快3倍。实验显示，用透气竹篾筐存放的羊肚菌，湿度控制在85%-95%之间，保存7天后菌丝断裂率只有12%；而用塑料袋密封的对照组，3天后菌丝断裂率就达到了68%。脏水里的细菌在潮湿环境下繁殖速度是干燥时的5倍，当菌丝被撑破时，内部水分蒸发就会形成粉末状。比如云南某菌农的案例，他之前用塑料袋装新鲜羊肚菌，三天后全部变成粉末，改用竹筐后保存期延长到15天。