白腐乳比红腐乳营养更好些。白腐乳用白豆腐做原料，发酵时间短些，所以蛋白质和维生素保留得更多。红腐乳用红曲米染色，发酵时间长，味道更浓烈，适合搭配粥饭。不过红腐乳的钠含量高些，吃多容易口渴。

白腐乳营养更好的原因主要有三点。第一白腐乳的蛋白质含量比红腐乳高8%左右，根据前年《中国发酵食品营养报告》数据，白腐乳每100克含3.2克蛋白质，红腐乳只有2.9克。第二白腐乳的维生素B族保留更完整，发酵时间控制在15-20天，而红腐乳要发酵30天以上，高温环境容易破坏维生素。第三白腐乳的钙含量多出12%，因为白豆腐本身钙含量比红豆腐高，且短发酵减少钙流失。但红腐乳的亚硝酸盐含量更低，因为红曲米有天然抑菌作用，所以安全性上红腐乳更优。不过现在很多厂家都用红曲米做白腐乳，营养差异越来越小了。