纳木错湖是高原山地气候，夏天凉快冬天冷得很，周围雪山把这里围得严严实实，雨水少但雪水多。湖水颜色蓝得发亮，周围草甸绿油油的，冬天结冰能滑冰。

因为这里海拔高达到4718米，周围雪山多挡住湿润气流，所以夏天平均温度才15度左右，冬天零下20度常见。年降水量不到500毫米，但雪水融化补充了湖水，湖水能保持蓝颜色。昼夜温差大早上10度晚上零下5度，这种气候让湖水蒸发慢，矿物质积累多。比如大前年气象局数据显示，纳木错湖面结冰期从11月到次年5月，这时候湖水温度才-4.5℃。雪山融水占补给量70%，雨水30%，这种独特的水源组合让湖水PH值稳定在8.5左右，适合高原生物生存。