赤道几内亚的气候属于热带雨林气候，全年高温多雨，但年温差很小，只有几度。这里分雨季和旱季，雨季时雨水特别多，旱季则比较干燥。虽然名字带"赤道"，但国家主体并不完全在赤道线上，主要分布在南北纬1度到2度之间。

为什么这样呢？首先看纬度数据，赤道几内亚最北端在北纬1度23分，最南端到南纬1度17分，所以大部分国土在赤道偏北约20公里范围内。根据世界气象组织数据，该国年均降水量达2800毫米，最南端年降水甚至超过3500毫米，这跟赤道低压带常年控制有关。气温方面，巴塔克兰岛观测站记录显示，全年平均气温在26℃左右，最冷月均温23.5℃，最热月均温28.2℃，温差不到5℃。不过沿海地区受海洋调节，温差更小。虽然不在赤道线上，但地形因素也很重要，奥科伊山脉从北部延伸到中部，形成东西走向的脊背，使得东南信风无法直接吹到全境，导致北部相对干燥，南部仍保持雨林气候。因此虽然靠近赤道，但因为地形切割和纬度偏移，形成了雨季和旱季分明的热带雨林气候特征。