自制咸鸡蛋发苦主要因为材料不新鲜、盐量不够、腌制时间太短或太长。鸡蛋里的蛋白质分解会产生苦味物质，如果盐放少了，细菌容易把蛋白质分解成苦杏仁酸；如果腌的时间太短，蛋黄没凝固也会发苦；时间太长的话，水分蒸发过度，蛋黄会变干变苦。

有人用普通盐腌了三天就吃，结果蛋黄发苦，这是因为普通盐含碘和抗结剂，这些添加剂和蛋白质反应产生苦味。实验数据显示，腌咸鸡蛋需要用无碘盐，盐和水的比例要达到1:1.2以上，温度保持在20℃以下，时间至少两周。比如用500克鸡蛋配600克盐，腌15天后苦味减少70%。如果用海盐腌了三天，蛋黄苦味浓度比标准高3倍，因为海盐含镁离子多，加速蛋白质分解。如果鸡蛋壳有裂纹，细菌容易从裂缝进入，分解蛋白质产生硫化氢，这种气体有臭鸡蛋味，也会让蛋黄发苦。