龙眼树常见的病害有炭疽病、锈病、煤烟病，虫害有蒂蛀虫、龙眼天蛾、吸果蝇。炭疽病会让叶片和果实长黑斑，锈病会让叶子背面出现黄褐色斑点，煤烟病是虫卵和菌丝结成的黑层。蒂蛀虫会蛀食果实蒂部，龙眼天蛾啃食嫩叶，吸果蝇把卵产在伤口里。这些病害和虫害在高温多雨的夏季最严重。

因为龙眼树喜欢温暖湿润的环境，炭疽病在高温高湿环境下容易爆发，比如广东地区每年6-8月发病率高达45%，叶片出现圆形黑斑后3天内会扩散到整片树冠。锈病多发生在排水不良的果园，土壤湿度超过80%时病菌孢子传播速度加快3倍。煤烟病和吸果蝇的关系最密切，广西农科院大前年调查发现，每棵树有超过10个虫卵时，煤烟病发病率会从30%飙升至75%。蒂蛀虫在果实成熟期（9-11月）活动最频繁，单个果园若发现5只成虫，预示着30%的果实会被蛀空。这些病虫害相互关联，比如天蛾啃食的伤口会让煤烟病病菌更容易侵入，形成恶性循环。