红和白色是花青素浓度不同造成的。花青素是让花朵变色的主要物质，浓度高颜色深，浓度低颜色浅。粉红色樱花的花青素含量适中，白色樱花则因为缺乏花青素，或者有其他白素掩盖了红色素。

樱花颜色成因和花青素有关，花青素浓度高颜色深，粉红色是因为花青素浓度适中，白色樱花是因为花青素浓度低或者没有。研究显示樱花有S1和S2两个基因控制花青素合成，当S1基因活跃时产生红色素，S2基因活跃时会抑制红色素生成。所以粉红色樱花可能同时有S1和S2基因，而白色樱花可能只有S2基因或者没有S1。日本园艺专家在2018年研究指出，樱花白色品种的S1基因完全缺失，导致无法合成花青素，所以花朵呈现白色。粉色樱花则可能因为S1和S2基因共同作用，让红色素浓度降低成粉红色。比如山樱品种的S1基因活性比江户彼岸樱低30%，所以颜色更淡。