苏式月饼肉馅主要有五仁、豆沙、肉馅三种基础款，后来还加了枣泥、水果馅。五仁馅用核桃仁、杏仁、花生、芝麻、果仁混合糖油炒制，豆沙馅是红豆沙加猪油，肉馅用肥瘦猪肉剁碎加酱油、糖、香料腌制。

因为五仁月饼最早在清朝《随园食单》有记载，后来豆沙馅流行起来，现在肉馅又受欢迎。数据显示苏式月饼肉馅占整体市场35%，消费者调查里62%的人觉得五仁馅最传统，但年轻群体更爱豆沙馅。肉馅配方里肥肉和瘦肉比例3:7，用黄酒去腥，炒制时要先煸出油脂再调味，这样馅料才不会太腻。比如苏州老字号"黄天源"的肉馅配方，猪肉要选三层分明的前夹肉，炒制时间控制在15分钟，这样既能保证口感又不会散开。现在很多新式苏式月饼还加了蔓越莓干、黑芝麻等创新料，但传统肉馅还是坚持用酱油、冰糖、桂花这些老味道。