苦瓜的苦味主要来自两种化学物质——苦瓜素和葫芦素。因为这两种物质在植物体内属于天然防御系统，用来抵御病虫害。比如在开花结果期，苦瓜的苦味会更浓，因为这时候需要保护果实不被动物啃食。

研究发现，苦瓜素属于生物碱类物质，其分子结构中的氮原子能刺激人类味蕾受体，产生苦味感。而葫芦素则含有糖苷结构，这种结构在高温下容易分解，所以炒菜时苦味会减少。有数据显示，成熟苦瓜的苦瓜素含量能达到0.5%-1.2%，比未成熟的高出3倍以上。不同品种的苦瓜苦味差异也跟基因有关，比如广东苦瓜的葫芦素含量比云南苦瓜高15%-20%。不过这些化学物质其实对人体无害，反而有清热解毒的作用。但有些人吃多了会刺激肠胃，所以建议搭配肉类或辣椒一起吃。