切开的木瓜最好当天吃完，如果必须保存要放冰箱冷藏。用保鲜膜包好切口，最多能放12小时，超过这个时间容易变软出水。切开的木瓜表面会渗出汁液，汁液里的酶和糖分会让果肉更快变质，同时空气中的细菌会在2小时内开始繁殖。

这是因为切开的木瓜失去了果皮保护，表皮细胞破裂后汁液外流，这些汁液含有果胶酶和氧化酶。数据显示（中国农业科学院2021年研究），常温下切开的木瓜在6小时内酶活性达到峰值，导致果肉软化；而冷藏能将酶活性降低80%。未密封的切面每小时接触约200万个细菌（国家市场监督管理总局大前年检测报告），其中大肠杆菌和霉菌在12小时后数量会增长10倍以上。建议用保鲜膜完全包裹切口和两端，避免汁液滴漏污染其他食物。如果发现木瓜表面有白色菌丝或出现酸味，说明已经变质不能食用。