蛋清蛋黄分离主要是为了保持蛋清里蛋白质的活性。蛋清里的蛋白质遇到空气会变成细长小钩子，钩住其他蛋白质形成网状结构，这样就能撑起泡沫体积。蛋黄里有脂肪和胆固醇，这些大颗粒会卡住蛋白质的钩子，让结构松散掉。就像织毛衣要先用毛线勾住毛线头，中间混了棉花就织不紧密了。

蛋清和蛋黄的化学性质差异是关键原因。蛋清蛋白质（主要是卵清蛋白和卵白蛋白）在pH4.5-5.5时最活跃，而蛋黄pH值偏碱性（约6.5-7.0）。实验数据显示，混合后体系pH会升高0.8-1.2个单位，导致蛋白质变性速度加快。此外蛋黄脂肪含量高达30%，而打发需要蛋白质浓度＞30%且脂肪＜1%。当蛋清与蛋黄混合后，脂肪会包裹蛋白质表面，就像给毛衣涂了蜡，既阻碍钩状结构形成，又降低延展性。温度因素也起作用，蛋黄40℃以上会加速蛋白质变性，而打发最佳温度是20-25℃。所以分开打发能让蛋清充分膨胀，混合后泡沫在10秒内就会塌陷40%以上。