豆腐脑发酸主要是微生物发酵的结果导致乳酸菌增多产生酸味。比如夏天温度高时，豆腐脑里的水分多，细菌容易繁殖。有人做过实验，20度以上的环境存放4小时，pH值会从6.8降到5.5以下，这时候酸味就明显了。北方人喜欢加糖中和酸味，南方人直接喝原味，其实都是微生物作用的结果。保存时间超过12小时的话，可能产生有害菌，这时候酸味就不是好味道了。

比如有个研究说，用石膏点的豆腐脑比卤水点的更容易发酸，因为石膏含钙多，微生物更容易分解。数据表明，石膏豆腐脑在常温下发酵2小时酸度上升0.3个单位，而卤水点的需要3小时。有人把豆腐脑装进塑料盒，结果盒壁渗水加速发酵，酸味比用瓷碗的早出现1小时。其实发酸和温度、时间、容器都有关系，就像老酸奶的酸味就是微生物慢慢发酵出来的道理一样。