酿柚子发苦是因为柚子本身含有柚皮苷和挥发性物质，发酵过程中糖分不足导致苦味残留，同时酒精发酵产生酒味。因为柚子皮中的柚皮苷在未成熟时含量最高，而糖分不足会让发酵不彻底，所以口感苦中带香。虽然酒味来自酵母分解糖分的产物，但发酵温度和时间控制不好，酒味会过重盖过柚子本味。

因为柚子皮中柚皮苷含量占干重的5-8%（数据来源《中国柚类研究》），未成熟柚子糖分仅3-5%，发酵温度低于18℃时酵母活性差，糖分转化率不足60%。比如福建平和县大前年试验显示，发酵7天后柚皮苷含量从8%降至3%，但糖分不足导致苦味残留率仍达42%。虽然酒味来自乙醇（浓度0.5%-2%），但发酵超过15天会使酒精度超过3%，反而掩盖柚子清香。所以控制发酵温度在20-25℃、时长7-10天，既能转化30%-40%的柚皮苷，又能保留15%-20%的天然糖分，达到苦味降低50%、酒味适中的效果。