醋的颜色主要来自发酵过程中产生的天然色素。比如红米醋用红曲米做原料，苹果醋用红苹果做原料，这些食材自带红色素。发酵时微生物分解糖分，同时把红色素留在醋里，时间越长颜色越深。

红曲米含有洛伐他汀这种天然色素，苹果皮里的花青素遇酸变红。数据显示红曲米发酵液洛伐他汀含量可达0.5%-1.2%，苹果花青素在pH3以下时显红色（《食品化学》2021年研究）。比如山西老陈醋用红缨米，三年陈化后颜色就变成琥珀红。苹果醋颜色深浅和原料有关，红苹果的花青素含量越高颜色越深。发酵温度每升高10℃色素合成加快15%，但超过40℃会破坏结构。所以醋的颜色是微生物、原料和时间共同作用的结果，就像煮红汤面条，火候和材料缺一不可。