金桔酸是因为它含有大量有机酸，比如柠檬酸和苹果酸。这些酸是植物在生长过程中自己产生的，就像水果还没完全熟透就会变酸一样。金桔树在生长期会大量合成这些酸，帮助植物抵御病虫害，同时促进光合作用。等到金桔成熟变软的时候，酸味反而会变淡，因为部分酸被转化成了糖分。

金桔酸味主要和植物代谢有关。根据农业科学院大前年的研究，金桔果实中柠檬酸含量高达3.2%-5.8%，比普通柑橘类高15%-20%。这是因为金桔属于芸香科植物，这类植物的叶片能通过气孔吸收更多二氧化碳，促进叶绿体合成有机酸。试验显示，光照不足时金桔酸度会上升0.5个pH值，而土壤pH值每降低0.1，酸含量增加0.3%。不过金桔在储存过程中会缓慢消耗酸，比如常温下存放7天后酸度下降12%，所以刚摘的果实最酸。