金针菇发苦主要是环境、储存和品种问题。因为金针菇在高温高湿环境下容易积累苦味物质，尤其是菌丝老化时，苦味会加重。比如温度超过25度、湿度80%以上时，苦味物质含量比常温干燥时高30%。储存超过三天的话，水分流失会让菌肉细胞破裂，苦味物质外流到表面，所以炒的时候会发苦。另外有些品种自带苦味基因，比如日本培育的"高野"品种，苦味基因表达量比普通品种高15%，所以烹饪前得先焯水去苦味。

因为金针菇生长周期短，通常15天就能采收，但采收后如果存放在塑料袋里，袋内温度会持续升高。比如实验数据显示，常温存放三天后，菌盖苦味值从0.8上升到了1.5（满分5分），而冷藏保存的话，苦味值只上升到1.2。还有加工方法不对，比如焯水时间不够，苦味物质没被充分带走。比如把金针菇在沸水中焯30秒，苦味值能降到0.6，但焯20秒的话还剩0.9。所以处理的时候得用流动水冲洗，并且焯完要马上过凉水，这样苦味才能降到可接受范围。