晒干的莲子放阴凉干燥处，用密封袋装好，能存2-3年。如果放潮湿或高温的地方，容易发霉变黑，最好在1年内吃完。装袋前要彻底晒干或烘干，水分超过15%会生虫。夏天保存要放冰箱冷冻层，冬天室温就行。吃的时候要挑出黑籽，泡水泡1小时再煮。

因为晒干处理能降低莲子含水量，所以保存时间延长。农业部的实验数据显示，干燥至12%水分的莲子，在25℃恒温下保质期达18个月，湿度每增加5%保质期缩短1个月。实验还发现装袋后氧气含量下降，抑制了霉菌和虫卵繁殖。比如装真空袋的莲子在30℃下存了2年，打开后仍有清香味，而普通塑料袋装的在第8个月就出现霉斑。所以既要控制环境湿度（建议用干燥剂包着存），也要注意包装密封性，这样才是延长保存的关键。