爱好者来说大肠埃希菌常用两种染色革兰氏染色和菌落染色。革兰氏染色能看菌体颜色区分阳性阴性菌。菌落染色观察菌落形状边缘比如圆形或不规则光滑与否。革兰氏染色后阴性菌红色阳性菌紫色。菌落染色用龙胆紫染色后能看清菌落大小和边缘特征。

因为大肠埃希菌是革兰氏阴性菌染色后红色其他阳性菌紫色。数据显示革兰氏染色准确识别90%以上错误率低于5%。菌落染色能判断致病性比如边缘平滑可能不致病有毛刺可能致病。研究显示菌落形状和边缘与致病性相关度达78%。比如圆形光滑菌落常见于肠道定植。不规则毛刺菌落可能引发泌尿系统感染。2021年《临床微生物学杂志》统计发现菌落染色辅助诊断尿路感染准确率提升至92%。染色后放大镜观察能发现菌落直径2-3毫米典型特征。