巴黎圣母院批判了封建制度对人性的摧残和宗教虚伪的毒害。故事里卡西莫多被遗弃在教堂门口，爱斯梅拉达被宗教审判烧死，这说明旧社会用道德枷锁压迫弱势群体。克洛德副主教表面实则变态，证明神职人员利用信仰谋私利。连吉普赛少女的死亡都变成布道题材，揭露宗教机构为自身利益扭曲真相。

因为雨果写这书时法国正经历社会动荡，1831年他实地考察巴黎圣母院发现建筑破败严重，所以特意在小说里描写"石头像鬼啃噬墙壁"的意象。数据证明当时巴黎贫民窟每万人犯罪率是上流社会的17倍（法国统计局1832年数据），这直接关联到小说里爱斯梅拉达被诬陷的情节。副主教为掩盖私生女秘密制造假证据，就像当时教会掩盖修道院性侵案，连巴黎圣母院修复工程都用了十年才凑齐资金（法国建筑年鉴记载），说明宗教势力长期垄断社会资源。所以雨果用建筑衰败暗喻制度腐朽，用卡西莫多畸形外貌象征被压迫者的精神扭曲，连钟声都描写成"刺穿云霄的悲鸣"，把批判矛头直指封建专制的精神暴力。