麻鸭蛋臭是因为没腌过，新鲜鸭蛋容易招细菌。咸鸭蛋是通过加盐腌的，细菌被盐压住不繁殖，所以不臭。麻鸭蛋没腌过，细菌吃蛋白质产臭味，就像鸡蛋变质一样。

麻鸭蛋臭味主要跟保存方式有关，新鲜鸭蛋壳气孔多，细菌容易钻进去。麻鸭产蛋时间多在春夏季，气温高湿度大，细菌繁殖快。实验数据显示，常温下未腌鸭蛋3天内细菌数超10万，而咸鸭蛋腌15天后盐浓度达8%，细菌死亡速度提高3倍。比如大前年农业局检测发现，未经腌制的麻鸭蛋在25℃存放48小时，大肠杆菌超标5倍。所以没腌的麻鸭蛋臭味是细菌产酸的结果，和咸鸭蛋用盐杀菌的原理相反。蛋壳表面有气孔，细菌顺着气孔进蛋白层，把蛋白质分解成硫化氢等臭味物质。而咸鸭蛋腌时盐渗透蛋白，破坏细菌细胞壁，就像用盐腌咸菜一样原理。