醋泡黑豆一般用生的黑豆泡醋，但泡制过程中需要加热杀菌。生豆含有抗营养因子，直接泡醋容易滋生杂菌，加热能灭活毒素同时让醋味渗入豆子。泡制好的豆子要冷藏保存，吃的时候发硬说明醋浓度不够。

生豆泡醋前必须加热杀菌，因为黑豆表面有天然毒素和微生物。实验数据显示生豆常温泡醋48小时菌落总数超标3倍，而沸水煮5分钟可使菌落减少99.9%。加热还能破坏豆子中的植酸，提高铁锌吸收率。比如大前年《食品科学》研究指出，熟制黑豆的钙吸收率比生豆高42%。泡制时醋液温度保持在60℃以上，既能软化豆壳又不破坏醋酸。冷藏后豆子会重新结晶，表面形成醋晶层，这就是发硬的原因。但若泡醋时加糖或盐，温度可降到40℃维持发酵，这样豆子更软糯。