新鲜酸木瓜放在阴凉处能放3-5天，冷藏的话能到一周左右。如果表皮有破损或者切开了，最好当天吃完。保存的时候要避免阳光直射和高温潮湿的环境，否则容易变软烂或者长黑斑。

因为酸木瓜里的果酸和水分容易让细菌繁殖，所以保存时间跟温度湿度关系特别大。室温25℃左右的话，每天会流失约5%的水分，三天后果肉就会变软。冷藏的话温度降到4℃以下，细菌繁殖速度能降70%，所以能多保存四天。农业专家测试过，带皮冷藏的酸木瓜比去皮的保存多出两天，因为果皮能阻挡部分氧气。但要注意的是，如果木瓜已经切开，必须用保鲜膜包好再冷藏，否则表面会发黏。有个别情况是木瓜本身成熟度不够，放两天就开始出水变软，这种情况下保存时间就明显缩短了。