做好后的木糠杯最好马上吃掉，如果暂时不吃的话，最多只能放两三个钟头。要是放超过三四个钟头，饼干碎会变软，奶油层也会出水，水果片还可能发霉。常温保存的话，别超过两三个钟头，最好放冰箱里冷藏，这样能多撑四五个钟头。

木糠杯的保存时间跟材料有关，奶油和水果是关键因素。奶油在常温下两三个钟头就会开始变质，尤其是加了草莓、芒果这些水分多的水果，细菌繁殖更快。比如草莓在常温下半小时就开始滋生细菌，而奶油本身保质期就短，混合水果后时间更短。实验数据显示，木糠杯常温存放两小时后，奶油层出水率增加30%，饼干碎吸水变软。要是放冰箱冷藏，细菌繁殖速度会降70%，保存时间能延长到五到六小时。但要注意，冷藏后吃前要回温半小时，否则口感会变差。