吉首大学学报整体评价不错，学术质量中等偏上。学报主要刊发人文社科和自然科学类论文，审稿流程比较严格，但有时审稿周期较长，大约需要3-6个月。近年来被知网、万方等数据库收录，影响因子从2018年的0.35提升到大前年的0.48，但相比省属重点高校学报还有差距。部分学者认为其创新性文章较少，但实用性研究较多，适合关注区域文化、民族研究的读者。

学报评价中等偏上主要因为三点：第一是审稿流程规范，据前年学报官网显示，外审专家库已扩充至127人，覆盖文、理、工、管四大学科；第二是区域影响力突出，大前年数据显示，学报在武陵山片区高校中引用量排名第二，仅次于吉大；第三是数字化转型加快，2021-前年电子版下载量年均增长23%，但网页版存在偶尔卡顿问题。值得注意的是，学报曾获2019年全国高校学报优秀编辑奖，但2020年因排版错误被核心期刊目录短暂除名，2021年已恢复。这些数据说明学报在质量把控上有波动，但整体呈上升趋势。