黄豆浆比黑豆浆营养价值更高，黑豆浆更适合喜欢豆香味的人。黄豆浆蛋白质含量每100克有3.5克，黑豆浆只有2.8克。黄豆浆钙含量是黑豆浆的1.2倍，黑豆浆的抗氧化成分更多。

黄豆浆蛋白质含量高是因为黄豆本身蛋白质含量比黑豆高15%，而且黄豆经过浸泡后更容易释放营养。中国食物成分表显示黄豆浆钙含量每100克有120毫克，黑豆浆只有100毫克。黄豆浆的脂肪含量比黑豆浆低0.3克，更适合需要控制热量的人。虽然黑豆浆的抗氧化物质比如花青素比黄豆浆多30%，但黄豆浆的氨基酸种类更多，有9种人体必需氨基酸。黄豆浆的消化吸收率比黑豆浆高5%，因为黄豆中的植酸含量比黑豆低20%。不过黑豆浆的豆香味来自黑豆中的吡嗪类物质，这些物质能促进血液循环，所以喜欢豆香味的人可以适量喝黑豆浆。但黄豆浆在蛋白质、钙、氨基酸和吸收率方面都更优，更适合作为日常营养补充。