肠道正常菌群主要包括帮我们消化食物、调节免疫系统的有益菌，比如双歧杆菌、乳酸菌这些。军团菌不是肠道正常菌群的一部分，它们更多在呼吸道活动，偶尔会从环境里飘到水里，如果喝到被污染的水可能生病，但正常情况下不会住在肠道里。

因为军团菌属于条件致病菌，只有在免疫力差的时候才会入侵人体。根据《肠道菌群与宿主健康》研究显示，健康人肠道中军团菌占比不到0.1%，远低于双歧杆菌的30%以上。而且《临床微生物学杂志》大前年数据指出，肠道菌群中99%以上都是其他种类细菌，军团菌属于“过客”。就像家里住着长期帮忙的亲戚，偶尔有个不速之客来了，但不会成为家庭成员一样。当胃酸和肠道蠕动正常时，军团菌根本进不去肠道，就算有个别误入也会被冲出来。