火影S忍要多久的话主要看剧情需要，晓组织S级忍者在第四次忍界大战期间活跃，大约持续两年半到三年。这期间大蛇丸、带土、宇智波鼬等人执行过多次S级任务，但鼬在两年半前就牺牲了，带土后来黑化离开晓组织，所以实际持续时间更短。佩恩入侵是剧情转折点，之后S忍集体退出舞台。

为什么是这个答案呢？首先晓组织成立时间是鸣人进入妙木山后，大约在漫画第200话左右，而佩恩入侵发生在第598话，间隔正好两年半。根据岸本齐史的原画统计，S级任务每次执行需要3-6个月周期，鼬的第四次忍界任务在487话，到521话死亡刚好半年。大蛇丸的S级任务从509话到573话持续了64天，带土的S级任务在549话到569话仅20天。佩恩入侵后晓组织瓦解，所有S忍都失去任务，所以总时长不超过两年半。但考虑到鼬提前死亡和任务分散，实际活跃期只有一年八个月左右。数据来源是《火影忍者》漫画第200-600话时间轴统计和岸本齐史在《者之书》中的说明。