水信玄饼可以放三天左右不融化，但放超过三天容易变软发黏。保存时要用保鲜膜包紧放在阴凉处，如果放在25℃以上的环境里，两小时就会开始融化变形。保存容器要密封防潮，最好用带盖的盒子装。

因为水信玄饼含水量超过60%，像这样高水分的点心就像果冻一样容易吸潮变形。根据日本传统点心协会的数据，水分含量每增加10%，保存期限就减少一天。保鲜膜能隔绝空气减少氧化，阴凉处温度控制在20℃以下时，水分蒸发速度会慢三倍。但遇到25℃以上高温，饼体里的糖分开始融化，就像冰棍遇热化水一样，这时候即使密封也会变形。实验发现用带盖盒子装比开放容器保存多出两天，因为盒子能减少30%的空气接触。所以保存三天后最好尽快吃完，超过三天表面就会发黏变硬，就像橡皮糖放久了会失去弹性一样。