佳木斯大学专业多，农业工程、食品科学、临床医学最出名，还有计算机、会计、文学、法学、护理、旅游、艺术、体育这些。学校是省属重点大学，学科覆盖面广，既有传统优势专业，也发展了新兴领域。

因为佳木斯是农业大省，学校重点发展农业工程、食品科学，教育部学科评估中这两门是B类学科。临床医学、机械设计制造是C类学科，说明实力强。计算机、会计、法学等专业就业率高，大前年毕业生就业率超90%。学校还有特色专业比如中俄合作办学、农业资源利用，适应地方需求。农业工程专业毕业生去农垦总局工作多，计算机专业和哈工大合作培养，这些数据证明专业设置合理。