玛芬蛋糕刚烤好时要放阴凉处晾凉半小时，常温下能放1-2天，吃不完就放冰箱冷藏3-5天。冷冻的话可以存1个月，但吃之前得用微波炉转10秒或常温解冻半小时。如果表面有霉斑就得扔了，闻着有酸味也赶紧处理。

玛芬蛋糕含水量高大概65%，糖分和脂肪多能当防腐剂，但放时间长了容易招小飞虫。冷藏时4℃左右的环境能让细菌繁殖速度慢三成，比如李斯特菌每天只能长1倍，常温下能翻3倍。冷冻时-18℃会让水分结冰晶，把微生物冻成冰雕，存一个月还安全。不过冷冻解冻时水分重新分布，蛋糕会回缩发干，微波炉转10秒能激活酶活性，让口感恢复些。有实验显示冷藏玛芬蛋糕放5天后，酸价从0.2上升到了0.8，超过1.0就不能吃了。