玛德琳蛋糕放常温最多能吃1-2天，要是放冰箱冷藏的话能保存3-5天，冷冻的话可以存1个月。吃之前要回温到室温再吃，不然口感会变硬。冷冻的玛德琳要等完全解冻了才能切片，否则会粘刀。

玛德琳保存时间跟水分蒸发和微生物滋生有关。常温下蛋糕里的水分每小时蒸发0.5%，2天后表面会发干，3天后细菌开始大量繁殖。冷藏能降低水分蒸发速度到每小时0.1%，同时抑制细菌生长，所以能多存3天。冷冻的话水分蒸发几乎停滞，但黄油会部分结晶，所以解冻后要复烤。根据《糕点保存指南》数据，冷冻玛德琳在-18℃环境下保存30天后，水分流失率仅1.2%，而常温保存24小时水分流失已达5.8%。不过冷冻后玛德琳的黄油风味会变淡，所以最好在1个月内吃完。