玛德琳做好后要尽快密封装进保鲜盒或者铝箔纸包起来，常温下能放两天左右，冷藏的话可以放一周左右，冷冻的话能存三个月没问题。吃的时候要提前半小时回温，微波炉叮三十秒或者烤箱烤两分钟就恢复口感了。

玛德琳水分含量高，常温下水分容易蒸发，所以放两天后表面会变干硬。冷藏能降低细菌繁殖速度，但时间太长容易滋生霉菌，一周左右是安全线。冷冻的话温度低到零下十八度，细菌和酶的活性都被压制住，三个月内不会变质。根据《家庭烘焙保存指南》数据，玛德琳冷藏保存温度最好在四度以下，冷冻要密封防冻伤。回温时微波炉叮三十秒和烤箱烤两分钟的区别在于，微波炉会让内部水分快速蒸发，烤箱则是均匀受热保持松软。不过冷冻玛德琳解冻后表面可能会略微塌陷，但口感还是软的，毕竟水分都冻在里头了。